Lima belas tahun yang lalu di hamparan tandus Pasifik, sebuah kapal pesiar bertabrakan dengan gunung es dan hilang di laut. Lebih dari satu dekade kemudian, Hideto Yashiro—seorang insinyur kapal—meninggal dalam kecelakaan mobil yang fatal. Hubungan yang tidak terduga antara peristiwa-peristiwa ini hanya terungkap pada kapal mewah St. Aphrodite selama pelayaran perdananya.
Di atas kapal itu untuk liburan yang sangat dibutuhkan, Kogorou Mouri, putrinya Ran, Conan Edogawa, dan Detective Boys menikmati perjalanan yang disediakan oleh keluarga Sonoko Suzuki. Namun kesenangan mereka segera terhenti ketika permainan petak umpet menyebabkan hilangnya Sonoko. Beberapa waktu kemudian, CEO grup Yashiro, yang membangun St. Aphrodite, ditemukan tewas ditikam dan ayahnya hilang. Saat penyelidikan polisi menemui jalan buntu, Conan mendekati pelakunya. Tidak mau ditangkap, pelaku mengancam akan meledakkan St. Aphrodite dan menenggelamkan seluruh penumpangnya.
Saat lambung kapal terisi air dengan cepat, kebenaran di balik pembunuhan penuh dendam tersebut akhirnya terungkap. Karena tidak ada tempat untuk melarikan diri, Conan dan Kogorou harus bergulat dengan pelaku yang sulit ditangkap sebelum semua orang di dalamnya terseret ke dasar laut.
