Shinichi Kudou, seorang siswa sekolah menengah dengan bakat luar biasa dalam pekerjaan detektif, terkenal karena telah memecahkan beberapa kasus yang menantang. Suatu hari, ketika Shinichi melihat dua pria mencurigakan dan memutuskan untuk mengikuti mereka, dia secara tidak sengaja menjadi saksi dari aktivitas ilegal yang meresahkan. Sayangnya, dia tertangkap basah, jadi orang-orang itu memberinya obat eksperimental yang diformulasikan oleh organisasi kriminal mereka, membiarkannya mati. Namun, yang membuatnya heran, Shinichi masih hidup untuk melihat hari lain, tapi sekarang dalam tubuh seorang anak berusia tujuh tahun.
Dengan sempurna menjaga kecerdasan aslinya, dia menyembunyikan identitas aslinya dari semua orang, termasuk teman masa kecilnya Ran Mouri dan ayahnya, detektif swasta Kogorou Mouri. Untuk tujuan ini, ia mengambil nama samaran Conan Edogawa, yang terinspirasi oleh penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Ranpo Edogawa.
Detektif Conan mengikuti Shinichi yang, sebagai Conan, diam-diam mulai menyelesaikan kasus senior Mouri dari belakang layar dengan keterampilan detektifnya yang masih luar biasa, sambil diam-diam menyelidiki organisasi yang bertanggung jawab atas keadaannya saat ini, berharap untuk membalikkan efek obat tersebut suatu hari nanti.
