Hari penting pembukaan kereta bawah tanah Tokyo yang baru, Jalur Touto, telah tiba, namun insiden pengeboman membuat semua perayaan terhenti. Gubernur Tokyo terjebak dalam ledakan saat berada di dalam kereta, namun dia dan semua orang yang hadir untungnya diselamatkan oleh pemikiran cepat dan tindakan Conan Edogawa.
Penasaran dengan kejadian tersebut, Conan meneliti sejarah politik gubernur dan menemukan bahwa pria tersebut bertanggung jawab atas penghancuran sebuah desa di Niigata untuk membangun Bendungan Kitanosawa. Percaya serangan itu terkait dengan pembangunan bendungan, Conan, ditemani Ran Mouri, Kogorou Mouri, Profesor Agasa, Sonoko Suzuki, dan Detective Boys, memutuskan untuk mengunjungi desa dan menyelidiki.
Di sana, mereka bertemu dengan sekelompok penduduk setempat yang tinggal di desa tua tersebut sebelum dirobohkan. Namun, saat satu misteri mengarah ke misteri lainnya, salah satu penduduk setempat dibunuh. Mencurigai bahwa sesuatu yang lebih jahat sedang terjadi, Conan bersumpah untuk mengungkap kebenaran di balik dua insiden tersebut sebelum terlambat.
