Kapal perang Aegis Destroyer sedang melakukan latihan umum di Teluk Maizuru di mana, secara kebetulan, sebuah kapal asing yang mencurigakan baru-baru ini terlihat. Conan Edogawa, Ran Mouri, Kogorou Mouri, Sonoko Suzuki, dan Detective Boys semuanya menerima tiket untuk menghadiri acara ini. Namun, saat operasi militer sedang berlangsung, salah satu anggota kru menemukan lengan kiri seorang letnan yang terputus. Conan kemudian menemukan bahwa mata-mata asing mungkin telah menyusup ke kapal perang untuk mendapatkan informasi rahasia dengan cara apapun yang diperlukan. Jika informasi tersebut bocor, garis pertahanan Jepang akan terbongkar, sehingga negara tersebut tidak terlindungi dari serangan musuh.
Dengan bantuan polisi di laut sementara teman dan sekutu lainnya melakukan penyelidikan di daratan, Conan kini harus mencegah krisis nasional ini dan mengidentifikasi mata-mata demi Jepang.
