Suatu pagi, di dek observasi Menara Pohon Lonceng, seorang pria tiba-tiba ditembak mati oleh penembak jitu tak dikenal. Conan Edogawa, yang kebetulan sedang berkunjung saat pembunuhan terjadi, bergegas menangkap penembak jitu tersebut tetapi gagal melakukannya. Dia kemudian mengetahui bahwa tersangka insiden tersebut, Timothy Hunter, adalah mantan anggota pasukan Operasi Khusus Angkatan Laut dan sudah diselidiki atas kasus pembunuhan sebelumnya. FBI yakin setidaknya ada tiga orang yang ingin dibunuh Timothy. Namun, setelah kematian dua dari mereka, Timothy sendiri terbunuh, sehingga penyelidikan menjadi kacau.
Saat mereka kehilangan satu-satunya pemimpin, berita tentang pembunuhan tersebut menyebar ke seluruh Tokyo, membuat kota tersebut berada dalam keadaan panik. Terserah pada Conan untuk menemukan dan menangkap pelakunya dengan harapan mengakhiri teror penembakan ini.
