Monster aneh mirip Godzilla yang disebut "kaijuu" telah muncul di seluruh Jepang selama bertahun-tahun. Untuk memerangi binatang buas ini, unit militer elit yang dikenal sebagai Korps Pertahanan mempertaruhkan nyawa mereka setiap hari untuk melindungi warga sipil. Setelah makhluk dibunuh, "penyapu"—yang bekerja di bawah Perusahaan Pembersih Kaijuu Profesional—ditinggal untuk membuang sisa-sisa makhluk tersebut.
Kafka Hibino, pria berusia 32 tahun, tidak puas dengan pekerjaannya sebagai tukang sapu. Sejak usia muda, dia bercita-cita untuk bergabung dengan Korps Pertahanan dan membunuh kaijuu untuk mencari nafkah. Namun, setelah beberapa kali gagal, ia menyerah pada mimpinya dan pasrah pada kehidupan biasa-biasa saja yang memberikan gaji yang layak. Namun demikian, ketika seorang rekrutan berusia 18 tahun yang ambisius bernama Leno Ichikawa bergabung dengan tim pembersihnya, Kafka sekali lagi teringat akan keinginannya untuk bergabung dengan militer.
Menyusul serangkaian kejadian malang dan interaksi dengan penyapu junior, Kafka bertemu dengan kaijuu tipe parasit yang memaksa masuk melalui mulutnya—mengubahnya menjadi monster humanoid. Dengan kekuatan barunya, Kafka ingin mewujudkan impian seumur hidupnya.
